Cusco Shtë kryeqyteti i departamentit që mban të njëjtin emër që ndodhet në pjesën juglindore të vendit, duke përfshirë zona të maleve dhe xhunglës. Emri vjen nga Keçua Qusqu ose Qosqo që do të thotë qendër, kërthizë, rrip; Kjo sepse, sipas mitologjisë së Inkës, botët më poshtë, të dukshme dhe superiore u bashkuan në të. Që nga ajo kohë, qyteti është quajtur kërthizë e botës.
Kur arritën pushtuesit spanjollë, emri i tyre u Castilianized në Cuzco ose Cusco. Të dy emrat përdoren deri në vitin 1993, kur emri i Kuskos zyrtarizohet, megjithëse në vendet spanjishtfolëse ende quhet Cuzco. Më 15 nëntor 1533, qyteti i Cuzco u themelua nga Francisco Pizarro, duke themeluar Plaza de Armas në vendin që ruan deri më tani dhe i cili ishte gjithashtu sheshi kryesor gjatë Perandorisë Inca. Pizarro i dha Cuzco emrin e Ciudad Noble y Grande, më 23 mars 1534.
Më 9 dhjetor 1983 në Paris, UNESCO deklaron qytetin e Kuskos si Trashëgimi Kulturore të Njerëzimit, duke e bërë atë destinacionin më të rëndësishëm turistik në Peru. Qendra e qytetit ruan ndërtesa, sheshe dhe rrugë nga kohërat para-hispanike si dhe ndërtime koloniale. Ndër atraksionet kryesore të qytetit janë: El Barrio de San Blas ku janë përqendruar artizanët dhe dyqanet e tyre artizanale, duke e bërë atë një nga vendet më piktoreske në qytet; Rruga Hatun Rumiyoq që të çon në Barrio de San Blas dhe ku mund të shohësh gurin e famshëm të dymbëdhjetë këndeve.
Po aq befasuese është Manastiri dhe Kisha e La Merced ku spikasin manastiret e stilit barok të Rilindjes, si dhe tezgat e korit, pikturat koloniale dhe gdhendjet në dru; Ekzistojnë gjithashtu Katedralja, Plaza de Armas, Kisha e Kompanisë, Qoricancha dhe Manastiri Santo Domingo.